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Alfen liegt an der Grenze von Hellwegraum und Paderborner Hochfläche und wird durch die Alme durchflossen.
Im Südwesten und Westen grenzt Alfen an den Salzkottener Ortsteil Niederntudorf, im Norden an den Paderborner Stadtteil Wewer, im Osten und Süden an die Borchener Ortsteile Nordborchen, Kirchborchen und Etteln.
1031 schenkt Kaiser Konrad II. seine Güter zu „Alflaan“ der Kirche zu Paderborn. Dies ist die erste urkundliche Erwähnung des Ortes, auch wenn er wahrscheinlich älter ist.
Alfen gehört seit seiner Gründung zur weltlichen Herrschaft des deutschen Bistums Paderborn, ursprünglich im Herzogtum Sachsen. Ab dem 14. Jahrhundert bildete sich das Territorium Fürstbistum Paderborn (Hochstift) im Heiligen Römischen Reich, ab dem 16. Jahrhundert dem niederrheinisch-westfälischen Reichskreis zugehörig.
1802/03 wurde das Hochstift vom Königreich Preußen besetzt. 1807 muss Preußen alle linkselbischen Territorien abgeben, das Gebiet fällt für kurze Zeit an das Königreich Westphalen. Dieses Königreich zerbricht aber bereits wieder 1813 und das Gebiet fällt 1815 an Preußen zurück, das hier neue Verwaltungsstrukturen schafft, die in abgewandelter Form bis heute fortwirken. So kommt das Gebiet zum 1815 gebildeten Regierungsbezirk Minden in der neugeschaffenen Provinz Westfalen. 1816, bei der Bildung der neuen Landkreise, kommt Alfen zum Kreis Paderborn – hier gehört es zum Amt Kirchborchen.
Am 1. Juli 1969 schließt sich Alfen mit Nordborchen und Kirchborchen zur neugebildeten Gemeinde Borchen zusammen. Am 1. Januar 1975 kommen auch Etteln und Dörenhagen hinzu.